在网站优化中，301跳转不总是最佳策略的原因主要体现在以下几个方面：

1. 内容相关性问题

当使用301跳转进行网站改版或域名更换时，如果新旧页面内容关联性不强，跳转可能会导致用户体验下降。搜索引擎可能会因为内容不匹配而降低新页面的排名，甚至对网站的整体SEO产生负面影响。因此，确保跳转前后内容的相关性至关重要。

2. 跳转层级过多

过多的301跳转层级会增加服务器的负担，延长页面加载时间，影响用户体验。同时，搜索引擎在抓取和索引过程中可能会遇到困难，导致权重传递效率降低。合理规划URL结构，减少不必要的跳转层级是优化301跳转的关键。

3. 锚文本设置不当

在实施301跳转时，如果锚文本设置不合理，可能会被搜索引擎误解为恶意操纵排名的行为。尤其是当多个域名通过301跳转到一个新域名时，如果内容无关，更容易被判定为欺骗性操作，从而影响网站的可信度。

4. 搜索引擎识别延迟

在某些情况下，特别是涉及跨域名的301跳转时，搜索引擎可能需要较长时间来识别和验证重定向规则。这期间，旧域名的权重可能无法顺利传递到新域名，导致短期内SEO效果不理想。

5. 用户访问体验下降

频繁的301跳转会导致用户等待时间延长，尤其是在网络环境较差的情况下，可能会引发用户不满，增加跳出率。因此，优化301跳转时，必须优先考虑用户访问体验。

6. 权重分配不均

当多个子域名通过301跳转合并到一个新域名的子目录下时，权重分配可能不均，导致部分页面被忽视。这需要通过合理的URL结构和跳转策略来避免。

综上所述，虽然301跳转在网站优化中具有重要作用，但并非所有情况下都是最佳选择。在实际应用中，需要根据具体情况综合考量内容相关性、跳转层级、锚文本设置、搜索引擎识别周期、用户访问体验和权重分配等因素，制定科学的优化策略。