将所有外链指向首页确实可能导致网站结构杂乱无章，进而影响SEO效果。搜索引擎抓取网站的频率与网站的权重直接相关。权重高的网站，搜索引擎抓取会更及时；反之，权重低的网站，搜索引擎可能很久才访问一次，导致抓取频率低。

网站地图能够将网站的所有链接直观地展示给搜索引擎，提高抓取效率，并有助于增加网站收录。只是，如果所有外链都指向首页，网站的入口将过于单一，搜索引擎蜘蛛抓取网站内容的机会减少，进而影响网站收录的数量和速度。

此外，外链建设从头至尾都指向首页会导致站内权重不均衡。首页虽然重要，但其他内容页面也需要权重。如果所有外链都指向首页，其他页面难以获得足够的权重，从而影响网站的整体排名。一个成功的网站应该是更多关键词排名上升，含有关键词的内容页面被搜索引擎推荐给用户，这样网站的权重才能不断上升。

合理的网站结构对于SEO至关重要。如果内链系统杂乱无章，比如不同栏目的内容互相做链接，有的页面链接很多而另一些页面链接很少，或者网站层次过深，都会导致收录缓慢。因此，外链不应全部指向首页，而应保持一定的比例，例如30%的外链指向首页，70%的外链指向内页，这样可以避免因作弊引起的搜索引擎不信任，并让搜索引擎认为网站的外链建设是用户自然的行为。

综上所述，将所有外链指向首页会导致网站结构杂乱无章，影响网站收录和整体排名。合理的内外链策略和网站结构对于提升SEO效果至关重要。