建筑企业在处理预收款时，应采取透明、规范的操作流程，以消除客户对资金安全的疑虑。企业需明确预收款的会计处理方式，确保资金流入账目清晰，避免出现资金挪用或不明状况。根据财税〔2017〕58号文件规定，建筑企业在收到预收款时，若未发生增值税纳税义务，可开具不征税“建筑服务预收款”普通发票，并在备注栏注明服务发生的地县名称及项目名称，此举可避免客户对发票真实性产生疑问。

企业应建立完善的预收款管理制度，包括合同条款的明确约定、收款流程的规范操作以及资金使用的透明化。在合同中，应明确约定预收款的用途、支付节点及违约责任，确保双方权利义务清晰。收款流程需规范，确保每笔预收款都有明确的记录和凭证，避免出现资金流向不明的风险。

此外，企业还需及时与客户沟通，提供资金使用情况的详细报告，增强客户的信任感。例如，某建筑企业在处理预收款时，由于管理不善，导致客户对工程进度和质量产生疑虑。面对这种情况，企业采取了以下措施：一是及时与客户沟通，解释工程进度和资金使用情况；二是完善内部管理制度，确保资金使用透明化；三是提供详细的工程进度报告，增强客户的信任感。通过这些措施，该企业成功化解了危机，赢得了客户的信任。

最后，企业应关注税务合规性，避免因税务问题引发客户的疑虑。根据财税〔2017〕58号文件规定，建筑企业在收到预收款时，若未发生增值税纳税义务，无需开具增值税发票，只需开具不征税“建筑服务预收款”普通发票即可。企业应确保财务人员熟悉相关税务规定，避免因税务处理不当引发客户的疑虑。