根据中国人民银行南宁中心支行发布的百银罚字〔2017〕第1号行政处罚书，广西北部湾银行百色分行因存在未经客户同意查询企业信用报告，及撤销人民币银行结算账户超期备案的违规行为，被中国人民银行百色市中心支行给予警告，并处5.5万元罚款。

此外，根据中国银行保险监督管理委员会百色监管分局发布的行政处罚决定书，广西北部湾银行百色分行因内控管理不到位，未及时发现并纠正员工违法违规行为；违规发放贷款，被罚款人民币40万元。

综上所述，广西北部湾银行百色分行因违规贷款问题，累计被处以5.5万元和40万元的罚款。