SEO和SEM在本质上的差异主要体现在实施手段、费用结构和效果周期上。

SEO主要通过优化网站内部结构和内容质量，如关键词布局、网站结构优化、内容质量提升等，以提高网站在搜索引擎中的自然排名。其核心是提升网站的相关性和权威性，从而吸引自然流量。SEO是一种长期策略，见效相对较慢，通常需要数月时间才能看到显著效果，且排名受搜索引擎算法调整影响较大。

SEM则涵盖了更广泛的营销手段，包括付费广告和搜索引擎广告等。其核心是通过付费方式快速提升网站在搜索结果中的曝光度，直接吸引目标用户点击。SEM的效果较为即时，能够在短时间内带来显著流量，但费用较高，需要持续投入才能维持广告效果。

在费用结构上，SEO主要涉及人力和技术成本，如内容创作、技术优化等，而SEM则直接涉及广告费用。尽管SEO看似“免费”，但实际上也需要投入资源进行内容创作和优化，而SEM则明确以付费为前提。

此外，SEO更注重长期价值的积累，通过提升网站质量和用户体验来获得稳定流量；而SEM更注重短期效果，通过快速曝光来获取即时流量。两者相辅相成，企业在进行搜索引擎营销时，应根据自身需求和目标选择合适的策略组合。

而言，SEO和SEM的本质差异在于：SEO侧重于自然排名的提升，而SEM侧重于通过付费手段快速获取曝光和流量。两者在数字化营销中各有优势，合理结合才能达到最佳效果。