慈溪市新城河建设公司一期PPP项目改造的神秘之处主要体现在以下几个方面：

1. 公私合作模式的创新性该项目采用公私合作模式，与民营企业共同投资、建设和运营，这种模式在城市建设中较为少见，其具体操作细节和利益分配机制具有一定的神秘性。

2. 综合改造的复杂性项目不仅包括土地整理、基础设施建设和公共空间改造，还涉及生态环境保护、绿色建筑和可持续发展理念，这些元素的融合和具体实施方法不为外界所熟知。

3. 信息披露的局限性虽然项目公告中披露了部分信息，但许多具体细节，如项目预算、技术标准、运营方案等，并未完全公开，这些信息的缺失增加了项目的神秘感。

4. 政府与企业的协同机制项目涉及政府与企业之间的多方协作，其决策流程、监管机制和风险分担方式等内部运作机制并不透明，外界难以全面了解。

5. 预期效果的未知性尽管项目预计将提升城市功能和居民生活质量，但其具体效果和长期影响尚未显现，未来几年的发展变化仍存在一定的不确定性。

6. 项目管理的特殊性作为省重点建设和预安排项目，其管理流程和监督机制可能与其他项目有所不同，这些特殊性的管理措施也增加了项目的神秘色彩。