SEO与SEM的本质区别与内在联系主要体现在以下几个方面：

SEO是指通过优化网站内容和结构，提高网站在搜索引擎自然搜索结果中的排名，从而吸引更多潜在客户。其目标是提升网站的自然流量和品牌知名度。SEO通过关键词研究、内容优化、网站结构和链接建设等多个方面提升网站在搜索引擎中的自然排名。SEO的效果往往为中长期，需要一定时间才能看到明显效果，其成本相对较低，主要投入在内容创作和链接建设上。

SEM则包括SEO，但范围更广，旨在通过付费广告和优化策略提高网站在搜索引擎结果页上的可见度。SEM的效果为短期，可以快速提升网站曝光度和流量，但其成本较高，需要投入广告费用。SEM的工作原理是在搜索引擎结果页投放广告，提高网站曝光度。SEM的目标是快速获取流量，实现短期内的销售目标。

SEO与SEM的联系主要体现在二者都是搜索引擎营销方式方面。二者都旨在增加网站在搜索引擎中的排名，但它们的实施方式、效果和目标却有所不同。SEO侧重于通过自然排名的方式获得流量与曝光，而SEM则通过付费广告快速提升网站曝光度。

在实际应用中，企业可以根据自身业务需求选择合适的SEO和SEM策略。结合持续的性能监控体系，定期进行数据分析，优化优化策略，并注重用户体验，提高网站质量和用户满意度。通过深入了解SEO与SEM的差异和联系，结合实际案例，企业可以制定出有效的优化策略，实现业务目标。