免费网站建设软件通常功能固定且有限，缺乏灵活性，不支持或限制功能升级，难以适应企业发展的需求。在设计自由度、性能、专业性、SEO优化以及功能 性方面，付费网站建设软件优于免费选项。付费软件提供更全面的SEO设置，包括关键词设置、友链管理、搜索引擎提交入口等，有助于提高网站排名和可见度。

在安全性方面，付费软件通常提供更强大的安全防护措施，保障用户数据安全。而免费软件在这方面往往存在不足，可能存在隐私泄露风险。此外，付费软件提供更优质的客户服务和技术支持，能够及时解决用户遇到的问题，而免费软件通常缺乏此类服务。

成本方面，免费软件无需付费，但可能存在隐藏费用，如广告插入、功能限制等。付费软件虽然需要一次性或持续性投入，但通常提供更全面的功能和服务，从长远来看更具性价比。

综上所述，免费建站适用于预算有限、需求简单的个人或小型项目；而付费建站则更适合追求专业形象和功能全面的企业。企业在选择建站方案时，应根据自身需求和预算进行综合考虑。