《轩辕剑之天之痕》的剧情高潮主要集中在后半部分，尤其是昆仑镜篇和神器联合对抗魔族的关键情节。剧情中隐藏的神秘谜团主要包括万灵血珠的秘密、陈靖仇的身世以及宁珂的最终命运。

万灵血珠的起源和力量来源是剧中的一个核心谜团。宇文拓为练万灵血珠不惜牺牲三座城池，这一行为背后隐藏着复杂的动机和代价，而血珠本身的神秘力量也并未完全揭示。

陈靖仇的身世之谜也是剧情的一大看点。他作为陈国最后的王子，肩负着复兴国家的重任，但其真实身份和过去并未在初期完全揭晓，直到后期才逐渐揭开真相。

宁珂的最终命运同样充满神秘色彩。她在大战中为保住孩子放弃道行，化作黑鹰，五百年后才 出现。这一转变背后的原因和她的未来去向，成为观众持续探讨的谜团。

剧中神器主人联合对抗魔族的决战，以及靖仇牺牲后重生的情节，都为剧情增添了更多层次和深度。这些高潮集数不仅展现了激烈的战斗场面，还揭示了角色之间的复杂情感和牺牲精神。

总体而言，《轩辕剑之天之痕》通过这些神秘谜团和剧情高潮，为观众呈现了一个充满奇幻色彩和深刻内涵的故事。尽管部分答案并未在剧中完全揭晓，但这些谜团也成为了观众持续讨论和解读的对象。