要设置IIS网站目录实现跨机流量加密，可以按照以下步骤操作：

1. 在两台服务器上安装IIS，并分别配置网站目录。
2. 在主服务器上，创建一个虚拟目录，并映射到具体的物理目录路径。
3. 在另一台服务器上，配置负载均衡或反向代理，将请求转发到主服务器的虚拟目录。
4. 在主服务器上安装SSL证书，并确保虚拟目录的访问通过HTTPS进行加密传输。
5. 在反向代理或负载均衡器上配置SSL termination，将流量加密后在转发到主服务器。
6. 在两台服务器上设置防火墙规则，仅允许必要的端口开放。
7. 测试跨机访问，确保流量在传输过程中是加密的。

通过以上步骤，可以实现IIS网站目录的跨机流量加密，保障数据传输的安全性。同时，建议定期更新SSL证书，并监控服务器的安全状态，以防止潜在的安全风险。