网站内容更新、结构优化、外部链接增加等变动，确实会影响搜索引擎自然排名。具体影响程度取决于变动的类型和规模。

网站内容更新: 内容是影响SEO排名的核心因素。高质量、原创且有价值的内容能够吸引用户停留并通过自然链接传播，从而提升排名。定期更新内容还能吸引搜索引擎蜘蛛频繁访问，增强网站权重。

网站结构优化: 清晰的网站结构有助于提升用户体验和搜索引擎的抓取效率。优化导航、URL结构及内链布局，可以使搜索引擎更容易理解网站内容，从而改善排名。结构变动较大时，搜索引擎可能需要重新审核，导致快照更新延迟，页面排名受影响。

外部链接增加: 高质量的外部链接能显著提升网站权威性和排名。通过内容创作、行业合作等方式获取自然链接，可以增强网站在搜索引擎中的信任度。只是，若链接质量低下，反而可能损害排名。

值得注意的是，较大规模的变动可能触发搜索引擎的重新审核，导致排名波动或快照更新延迟。此时，应做好404错误处理和301重定向，避免流量损失。

综上所述，合理的内容更新、结构优化及外部链接建设，能够有效提升自然排名。但需注意变动的循序渐进，避免因剧烈调整而影响网站稳定性。