商务部在制定市场准入负面清单时，遵循以下原则和流程：

1. 法治原则：清单中的禁止和限制投资经营事项均与法律法规相符。商务部确保清单内容合法合规，并根据经济社会发展情况进行动态调整。

2. 动态调整机制：通过不断缩减清单事项、优化结构，增强清单的科学性、规范性和完备性。商务部研究制定动态调整工作方案，引入市场主体、行业协会、专家学者等多方参与，明确调整频次、方式和流程。

3. 第三方评估机制：探索建立市场准入负面清单调整的第三方评估机制，确保清单调整的科学性和公正性。商务部通过评估机制收集各方意见，及时优化清单内容。

4. 相关立法工作：积极推动与市场准入负面清单制度相适应的相关立法工作，确保清单的执行有法可依。商务部与相关部门协同，完善法律法规体系，为清单实施提供法律保障。

5. 信息公开与反馈：建立信息公开反馈机制，通过相关平台向社会公开负面清单内容，收集市场主体和社会公众的意见建议。商务部根据反馈意见及时调整清单，提高透明度和公众参与度。

6. 清理现有制度：全面清理涉及市场准入、投资经营的法律、法规、规章、规范性文件以及各类行政审批，及时修改或废止不适应清单要求的制度。商务部会同有关部门，确保清单之外的市场主体享有平等的市场准入条件。

商务部通过以上措施，确保市场准入负面清单的适应当前和未来经济发展，推动市场活力释放，助力企业可持续发展。