微信小程序开发工具中，npm高效管理项目依赖的方法如下：

1. 初始化项目在项目根目录下创建或打开package.json文件，定义项目依赖。

2. 安装依赖使用命令$ npm install安装项目所需依赖。例如，安装Vue框架：

"dependencies": { "vue": "^2.6.14" }

3. 开发环境配置在package.json中添加开发依赖：

"devDependencies": { "vue": "^2.6.14" }

4. 启动监视执行$ npm run watch启动监视，实时编译项目。

5. 使用社区资源利用NPM庞大的开发者社区，获取优秀依赖库和解决方案。

6. 版本锁定使用npm-shrinkwrap生成版本描述文件，确保依赖版本一致性。

7. 微信工具集成在微信开发者工具中勾选使用npm模块，启用npm支持。

8. 构建项目执行$ npm run build进行项目构建，生成dist目录。

9. 自动化构建利用npm脚本实现自动化构建，提高开发效率。

10. 定期更新及时更新依赖项，确保项目安全性和稳定性。

通过以上步骤，可以有效管理微信小程序项目依赖，提升开发效率并保证代码质量。NPM的自动化和社区支持特性，使得依赖管理更加规范和高效。